此次改革以后，交易方式细分为盘中做市转让、盘中集合竞价转让、盘后协议转让以及线下特定事项协议转让
为保证新交易制度顺利实施，验证各方技术系统的部署情况，1月8日，全国股转系统下发《关于开展全国中小企业股份转让系统交易制度改革通关测试的通知》，定于1月13日进行交易制度改革通关测试。在此之前，全国股转系统就交易制度改革进行了第六次全网测试。
在此之前，新三板仅有协议和做市两种转让方式，按照此次发布的《全国中小企业股份转让系统股票转让细则》（简称《转让细则》），新三板交易制度将新增集合竞价转让方式，细分为盘中做市转让、盘中集合竞价转让、盘后协议转让以及线下特定事项协议转让等4种方式。此次测试完成后，1月15日将正式实施新交易规则。
《证券日报》记者了解到，本次新三板交易制度改革的目标是完善市场价格形成机制，为持续改善流动性奠定基础。
修改内容主要包括四个方面：一是引入集合竞价交易制度，原采取协议转让方式的股票盘中交易方式统一调整为集合竞价，同时与分层配套，实施差异化的撮合频次。
二是分类纾解协议转让需求，对于单笔申报数量不低于10万股或转让金额不低于100万元的交易，可以通过交易系统进行协议转让；对于属于特定事项的协议转让需求，可以申请办理特定事项协议转让业务。
三是完善做市转让方式，采取做市转让方式的股票，增加特定条件下的协议转让安排；改革收盘价确定机制，增强价格稳定性。
四是将前期以通知形式规定的申报有效价格范围纳入《转让细则》。
此次改革引入了集合竞价，相较于协议转让，集合竞价能够通过相对较长时间的订单积累汇集较多的买卖订单，以保障充分的价格竞争从而改善市场定价的有效性。相对于连续竞价而言，集合竞价更适合股权相对集中的市场，而且以最大成交量为成交原则，抗操纵性较强，是目前境内外交易所市场通行的一种交易方式。同时，集合竞价符合境内证券投资人的交易习惯，易于理解和掌握。此外，集合竞价的撮合频次可以灵活设置，便于同新三板市场分层后的差异化制度供给相配套。
此次引入集合竞价制度，在综合考虑了基础层和创新层股票的流动性水平和投资者交易需求的基础上，确定了基础层集合竞价股票每日撮合1次；创新层集合竞价股票每日撮合5次。
